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Projektbeschreibung

The Python Macromolecular Library (mmLib) is a
software toolkit and library of routines for the
analysis and manipulation of macromolecular
structural models, implemented in the Python
programming language. It is accessed via a
layered, object-oriented application programming
interface, and provides a range of useful software
components for parsing mmCIF, PDB, and MTZ files,
a library of atomic elements and monomers, an
object-oriented data structure describing
biological macromolecules, and an OpenGL molecular
viewer. The mmLib data model is designed to
provide easy access to the various levels of
detail needed to implement high-level application
programs for macromolecular crystallography, NMR,
modeling, and visualization. This includes
specialized classes for proteins, DNA, amino
acids, and nucleic acids.

Systemanforderungen

Die Systemvoraussetzungen sind nicht definiert
Information regarding Project Releases and Project Resources. Note that the information here is a quote from Freecode.com page, and the downloads themselves may not be hosted on OSDN.

2007-05-22 06:44
1.0.0

Unterstützung für numpy 1.x und NumericPython Unterstützung für CIF-Dateien.
Tags: Major feature enhancements
Support for numpy 1.x and NumericPython support for CIF files.

2006-03-07 02:36
0.98

Die mmLib Sub-Module waren alle wieder berücksichtigt in einem einzigen Verzeichnis Layout und einige Module wurden umbenannt. In allen Modulen wurde die Verwendung von aus SomeModule import * beseitigt, und alle Einfuhren sind jetzt vollständig spezifiziert zum Name-Space Verschmutzung zu reduzieren. Das Array-Bibliothek für Vektoren und Matrizen verwendet hat sich verändert. Numeric Python wurde ersetzt durch NumPy aus der scipy.org Suite.
Tags: Major feature enhancements
The mmLib sub-modules have all been re-factored into a single directory layout, and some modules have been renamed. In all modules, the use of from SomeModule import * has been eliminated, and all imports are now fully specified to reduce name space pollution. The array library used for vectors and matrices has also changed. Numeric Python has been replace by NumPy from the scipy.org suite.

2005-07-19 01:10
0.9.7

mmLib Core: diverse Bugfixes und Performance-Verbesserungen bei der Verwendung von copy.deepcopy () auf Structure.py Objekte und API-Erweiterungen Structure.py Objekte. tlsviewer.py: Nebel funktioniert jetzt, und Sie können sichern und wiederherstellen Ansichten und Orientierungen.
Tags: Minor feature enhancements
mmLib Core: various bugfixes, performance improvements when using copy.deepcopy() on Structure.py objects, and API enhancements to Structure.py objects. tlsviewer.py: fog now works, and you can save and restore views and orientations.

2005-03-09 06:40
0.9.5

Die Änderungen umfassen wichtige API Erweiterungen, Bugfixes und einige neue Beispiel-Programme. mmCIF Dateien werden nun RCSB / ADIT kompatibel (sie verwenden den gleichen Satz von mmCIF Tags), in der tlsviewer.py Datei gab es einige Bugfixes und Verbesserungen Navigation und structure.py enthält eine Reihe von API-Erweiterungen.
Tags: Major feature enhancements
Changes include major API additions, bugfixes, and some
new example programs. mmCIF files are now RCSB/ADIT
compliant (they use the same set of mmCIF tags), in the
tlsviewer.py file there were some bugfixes and navigation
improvments , and structure.py includes some API
enhancements.

2004-11-29 22:46
0.9

Diese Version behebt Fehler und wichtige Adressen API Mängel. Es hat Unterstützung für Python copy.deepcopy voll () auf Struktur-Objekte. Es baut Anleihen automatisch aus Monomer-Bibliothek Definitionen, und durch inter-Atomabstand mit kovalenten Radien. Die AlphaHelix, BetaSheet und Site-Klassen wurden neu geschrieben. Es gibt Performance-Optimierungen. TLSView Die Anwendung ist für die Animation TLS starren Körpers Modelle enthalten.
Tags: Major feature enhancements
This release fixes major bugs and addresses API deficiencies. It has full support for Python copy.deepcopy() on Structure objects. It builds bonds automatically from monomer library definitions, and by inter-atomic distance using covalent radii. The AlphaHelix, BetaSheet, and Site classes have been rewritten. There are performance optimizations. The TLSView application is included for animating TLS rigid-body models.

Project Resources

Project Page Download: CVS Homepage Download: TGZ