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Projektbeschreibung

MCL-edge is an integrated command-line driven workbench for large scale network analysis. It includes programs for the computation of shortest paths, diameter, clustering coefficient, betweenness centrality, and network shuffles. A module for loading and analyzing gene expression data as a network is provided. The MCL algorithm is a fast and highly scalable cluster algorithm for networks based on stochastic flow. The flow process employed by the algorithm is mathematically sound and intrinsically tied to cluster structure, which is revealed as the imprint left by the process. The threaded implementation has handled networks with millions of nodes within hours and is widely used in the fields of bioinformatics, graph clustering, and network analysis.

Systemanforderungen

Die Systemvoraussetzungen sind nicht definiert
Information regarding Project Releases and Project Resources. Note that the information here is a quote from Freecode.com page, and the downloads themselves may not be hosted on OSDN.

2010-07-20 21:51
10-201

Die Clustering-Programm mcl ist jetzt erheblich schneller durch Optimierungen in den Speicher-Management-Code. Zusätzlich nutzt es Vanille Matrix / Vektor-Multiplikation, wo dies schneller als Sparse-Matrix / Vektor-Multiplikation. Die Geschwindigkeit Gewinne reichen von leicht unter doppelt bis sechsfach je nach Größe und Grafik Rand Dichte. Große Geschwindigkeit erhöht möglicherweise für Graphen von Größen bis zu mehreren hundert Tausende von Knoten erreicht werden. Die Grafik Abfrage Programm hat mehrere Kantengewicht Ausgang und zusammenfassende Statistiken Optionen erworben und Dokumentation wurde korrigiert und aktualisiert.
Tags: Major feature enhancements
The clustering program mcl is now considerably faster due to optimizations in the memory management code. Additionally, it utilises vanilla matrix/vector multiplication where this is faster than sparse matrix/vector multiplication. The speed gains range from slightly below twofold to sixfold depending on graph size and edge density. Large speed increases may be obtained for graphs of sizes up to several hundred thousands of nodes. The graph query program has acquired several edge weight output and summary statistics options, and documentation was fixed and updated.

2010-05-29 06:52
10-148

Die Clustering-Programm ist nun etwas schneller, das Programm für die Schaffung von Netzwerken von tabellarischen Daten mehr fähig geworden, und in der gesamten Suite Parallelisierung Unterstützung wurde verbessert und gestrafft. Graph-Transformationen sind nun verfügbar, viele Programme in einer einzigen Spezifikation der Sprache, und mehrere Umwandlungen wurden hinzugefügt.
The clustering program is somewhat faster now, the program for creating networks from tabular data has become more capable, and throughout the suite parallelisation support was improved and streamlined. Graph transformations are now available to many programs in a single specification language, and more transformations have been added.

2009-11-05 01:58
mcl-09-308

Diese Veröffentlichung fügt ein Netzwerk-Analyse-Programm, das an verschiedenen Kantengewichtsfunktion Cutoffs erzeugt. Die Genexpression Daten Parser wurde aktualisiert, und eine gegenseitige k-Nächster-Nachbar-Netzwerk Verringerung Option wurde hinzugefügt. Einige dunkle Optionen wurden entfernt und die Integration der verschiedenen Cluster-und Netzwerk-Analyse-Programme wurde verschärft.
Tags: Feature Enhancements
This release adds a network analysis program that generates statistics at different edge weight cutoffs. The gene expression data parser has been updated, and a mutual k-nearest-neighbour network reduction option was added. Some obscure options were removed and integration between the different clustering and network analysis programs was tightened.

2009-09-18 23:15
09-261

Diese Version verbessert die Unterstützung für das Lesen und Umwandlung von mRNA-Array-Daten. MCL hat eine Option zur Eingabe Graphen sparsify und analysis "-Modi wurden abgespalten und sind jetzt als ein Modus, in dem CLM-Programm erworben. Ein Fehler in mcl eingeführt-09-182 in der Cluster-Routinen Auslegung wurde behoben. Der MCX-Programm kann nun berechnen beide Knoten Exzentrizität und betweenness Zentralität über mehrere Maschinen und mehreren Threads parallelisiert. Kleinere Verbesserungen wurden in der gesamten Suite von Programmen gemacht.
Tags: Major
This release improves support for reading and transforming mRNA array
data. MCL has acquired an option to sparsify input graphs, and analysis
modes have been split off and are now available as a mode in the clm
program. A bug introduced in mcl-09-182 in the cluster interpretation
routines has been fixed. The mcx program can now compute both node
eccentricity and betweenness centrality parallelized over multiple
machines and multiple threads. Minor improvements have been made
throughout the entire suite of programs.

2008-06-05 23:05
08-157

Die MCL-Suite bewegt sich in Richtung einer stärkeren Konzentration auf allgemeine Zwecke in großem Maßstab Graph-Analyse, wobei der Schwerpunkt neben Clustering, über grundlegende Grafik und Bündelung von Maßnahmen und Transformationen. Das Programm kann nun mcxarray verwandeln Genexpression tabellarische Daten in Grafik-Eingang. Das CLM-Dienstprogramm Clustering-Koeffizienten berechnet, Durchmesser und Exzentrizität und betweenness Zentralität. Viele Korrekturen und Verbesserungen wurden in ganz gemacht.
Tags: Major feature enhancements
The mcl suite is moving towards a wider focus on
general purpose large scale graph analysis, with
the emphasis, besides clustering, on basic graph
and clustering measures and transformations. The
program mcxarray can now transform tabular gene
expression data into graph input. The clm utility
computes clustering coefficients, diameter and
eccentricity, and betweenness centrality. Many
fixes and improvements were made throughout.

Project Resources

Project Page Download: Änderungsprotokoll Homepage Download: TGZ